El monasterio dominico de Santo Tomás fue construido bajo el mecenazgo del tesorero de los Reyes Católicos, Hernando Núñez de Arnalte, su mujer María Dávila, el inquisidor fray Tomás de Torquemada y los Reyes Católicos. Fue construido entre los años 1482 y 1493. Los Reyes Catlólicos, construyeron a posteriori, un palacio en torno al claustro oriental o “de los Reyes”, y el sepulcro del Infante Don Juan en la iglesia, fallecido en 1497. En el siglo XVI, fue Sede inquisitorial y establece la Universidad de Santo Tomás, que perdurará hasta el S.XIX.
El monumento tiene tres claustros:
- Del Noviciado. De estilo toscano y 20 arcadas, está marcado por su sobriedad, con ausencia absoluta de ornamentación.
- Del Silencio o de los Difuntos. Lugar donde se enterraban los frailes, con 18 arcos en su planta inferior y 38 arcos polilobulados en la superior, con decoración abundante en los tramos intermedios.
- De los Reyes. Distribuyendo las estancias del palacio real, dispone de 40 arcos en la planta inferior y 56 en la superior, decorados con el prototípico perlado abulense.
La fachada cuenta con de un arco escarzano y dos contrafuertes que la recorren verticalmente, con un enorme rosetón y el escudo de los Reyes Católicos, adornado por diez esculturas de Gil de Siloé.
El palacio alberga un Museo de Arte oriental y otro de Ciencias Naturales y el complejo fue declarado Monumento Nacional en 1931.
